همانند نسخه‌های پیشین، سوپر روبوت وارز وای اثری نقش‌آفرینی و تاکتیکال است و شخصیت‌ها و یونیت‌های گوناگونی از انیمه‌ها و مانگاهای مختلف در آن حضور دارند. در بین آثار حاضر می‌توان به سری گاندام، سری COMBATTLER V، مجموعه Code Geass، مانگای Getter Robo Arc و انیمه SSSS.DYNAZENON اشاره کرد.

این شخصیت‌ها در کنار یکدیگر جمع شده‌اند تا با دشمن مشترک خود مبارزه کنند و وظیفه شما مدیریت آن‌ها و روبات‌های آنان است تا بتوانید در مبارزات پیروز شوید. غیر از شخصیت‌های مهمان، چندین شخصیت ارجینال هم در بازی حاضر هستند. برای پیش‌برد اهداف، رانندگان و مکاهای گوناگونی دارید که هرکدام ویژگی خاص خود را دارند.

حضور شخصیت‌ها از سری‌های قدیمی و جدید باعث می‌شود غیر از بازیکنان و طرفداران قدیمی، نسل جدیدتر هم بتوانند با این سری ارتباط برقرار کنند. برای درک بهتر داستان بازی، اطلاعات تکمیلی درباره بخش‌های مهم نظیر کاراکترها و دیگر بخش‌ها تعبیه شده‌اند؛ اما با وجود این اطلاعات، باز هم بازی برای افراد تازه‌وارد به سری بیش از حد گنگ و نامفهوم است.