داستان بازی Raji: Kaliyuga روی دو شخصیت اصلی یعنی راجی که اکنون یک جنجگوی باتجربه شده است و برادر کوچکش به نام دارش تمرکز دارد. دارش توسط خاطرات گذشته و رویاهای آینده به شکلی عرفانی تسخیر شده است. این خواهر و برادر باید سفر خطرناکی را به سمت قله ابدیت شروع کنند و در این میان از قلمر هیولاهای گوناگون بگذرند. سرنوشت آن‌ها تا پایان داستان مشخص نخواهد بود؛ زیرا باید تصمیم بگیرند که دنیا را نجات دهند یا برای پایان دادن به نبردهای بی‌انتها آن را نابود کنند.

دو شخصیت داستان Raji: Kaliyuga تنها در ظاهر تفاوت ندارند، بلکه در گیم‌پلی نیز کاملا منحصربه‌فرد عمل خواهند کرد. موقعیت و کنترل این شخصیت‌ها بر اساس داستان تغییر می‌کند و هرکدام می‌توانند به عنوان همراه دیگری به ایفای نقش بپردازند. راجی از هنرهای رزمی آکروباتیک استفاده می‌کند و عصایی الهی در دست دارد. از سوی دیگر دارش می‌تواند با کمک قدرت‌های عرفانی که به تسخیر آن‌ها درآمده، در جاذبه، زمان و انرژی دستکاری کند.